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dc.rights.licenseCC-BY-NC-ND
dc.contributor.advisorMatthijs, M.G.R.
dc.contributor.authorHuijboom, J.A.A.
dc.date.accessioned2016-12-22T18:00:37Z
dc.date.available2016-12-22T18:00:37Z
dc.date.issued2016
dc.identifier.urihttps://studenttheses.uu.nl/handle/20.500.12932/25016
dc.description.abstractABSTRACT. Infectious Bronchitis Virus (IBV) is the causative agent of a highly contagious disease that severely harms the Brazilian poultry industry. The virus is present in all parts of the country and occurs in various genotypes. This paper reports a study in which sequences of Brazilian IBV field strains are compared to the used vaccination schedule in order to find a possible relation. Samples from commercial chicken flocks were collected and screened for the presence of IBV by a nested RT-PCR targeted to the 3´UTR of all currently known members of the Gammacoronavirus genus. The viral RNA from the positive samples was submitted to a hemi-nested RT-PCR for partial amplification of the S1-gene and DNA sequencing. With phylogenetic analysis the sequences were compared to reference sequences from GenBank to determine the genotype and also compared to the used vaccination schedule. The results show that all the sequences belong to the Brazilian GI-11 genotype and consequently differ considerably from the used Massachusetts-serotype vaccine strains. Furthermore, the results suggest that there is IBV variety within one farm and that IBV field strains vary regionally. Considering IBV variety triggered by vaccination, it is due to limitations in this trial not possible to draw any conclusions. In order to make this matter clearer further research should be done on this subject. RESUMO. Projeto de Pesquisa em Medicina Veterinária, Universidade de Utrecht - Diversidade de região S1 do Coronavírus Aviário IBV sob diferentes programas de vacinação, em aves domésticas no Brasil - O vírus da bronquite infecciosa (IBV) é o agente causador de uma doença altamente contagiosa que causa perdas econômicas à indústria de avicultura brasileira. O vírus está presente em todas as partes do país com registros de ocorrência de diversos genótipos. O objetivo desse estudo foi analisar a correlação de sequências de cepas de campo do IBV brasileiro comparado àquelas utilizadas no programa de vacinação das granjas estudadas. Amostras de matrizes comerciais de aves foram coletadas e analisadas quanto à presença de IBV, por meio de RT-PCR nested, com alvo molecular sendo a região 3'UTR do genêro Gammacoronavirus. O RNA viral das amostras positivas foi submetido a RT-PCR hemi-nested para amplificação parcial do gene S1 e sequenciamento do DNA. Com análise filogenética, as sequências foram comparadas às sequências de referência do GenBank - para determinação de genótipo - e também foram comparadas ao programa de vacinação empregado. Os resultados demonstram que todas as sequências pertencem ao genótipo GI-11 brasileiro e, consequentemente, diferem consideravelmente das cepas utilizadas nas vacinas, as quais utilizam o sorotipo Massachusetts. Além disso, os resultados sugerem que há variedade de IBV dentro de uma mesma granja e que as cepas de campo do IBV variam regionalmente no país. Considerando a comparação filogenetica entre a variedade de IBV e a vacinação empregada, os resultados não indicam que possa haver uma possível correlação. Almejando elucidar esse ponto, mais pesquisas devem ser feitas na área.
dc.description.sponsorshipUtrecht University
dc.format.extent415110
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.language.isoen
dc.titleDiversity of IBV Avian Coronavirus S1-region Under Different Vaccination Schemes in Poultry in Brazil.
dc.type.contentMaster Thesis
dc.rights.accessrightsOpen Access
dc.subject.keywordsAvian infectious bronchitis virus, vaccination, phylogenetic analysis, IBV, Brazil
dc.subject.courseuuGezondheidszorg landbouwhuisdieren en vet. volksgezondheid


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