Concentratieprofiel RNA in een bolvormige viruskapsel

Abstract

In dit verslag beschouwen we het concentratieprofiel van het RNA-polymeer van een icosahedraal virus in zijn kapsel en bepalen we de ideale lengte van het polymeer. We gaan uit van een bolvormig virus met gelocaliseerde putpotentialen veroorzaakt door de ARM's van het virus. We maken bovendien gebruik van het uitsluitingsprincipe van Pauli, zodat het polymeer niet met zichzelf kan overlappen. We zullen alleen naar het 1D geval kijken. In het onderzoek verkrijgen we een differentiaalvergelijking uit de minimalisatie van de vrije energie van het virus die analytisch onoplosbaar is. Met behulp van de randvoorwaarden hebben we op twee manieren (lineaire combinatie en schietmethode) geprobeerd een numerieke functie te vinden die het concentratieprofiel beschrijft. De lineaire combinatie geeft de te verwachten resultaten. Bovendien vinden we hiermee een model voor de optimale lengte van het RNA-polymeer. De schietmethode geeft alleen de te verwachten resultaten voor verandering in lengte van het polymeer of zelfinteractie, maar slechte resultaten voor verandering in lengte of sterkte van de ARM's. Bovendien was het onmogelijk om hiermee een model voor de ideale lengte of punt van faseovergang te vinden.